衛生福利部因應疫情需要，核准藥廠專案製造「清冠一號濃縮製劑」，該藥品須由中醫師處方使用。衛福部嘉南療養院中醫師戴步雲強調，新型冠狀肺炎症狀以發燒、咳嗽最多，然後是肌肉痠痛、疲勞、全身無力、腹痛、腹瀉、鼻塞、流鼻水、嗅覺與味覺異常、頭痛、呼吸困難等等。

中醫將此症歸列為「瘟疫」，在古代即有於端午節使用薰香法，即利用藥材內部所含精油來殺滅病原體，以佩戴香包來預防瘟疫的民俗，抑或是單純的點燃艾葉來避瘟也可。其為在香包內可裝入適量的薄荷、冰片、樟腦、丁香、藿香、香薷、荊芥穗、紫蘇、蒼朮、肉桂、辛夷、細辛、白豆寇、艾草、佩蘭、陳皮、石菖蒲等藥材。

戴步雲說，對一般輕症的治療方藥，主要為《傷寒論》麻杏石甘湯和《溫病條辨》中的銀翹散，這就是蓮花清瘟飲的主成分，含有清熱解毒，宣肺泄熱的藥物。可用於治療流行性感冒，即熱毒襲肺證。由於藥方中大部分的藥物性味屬於寒涼，並不適合作為保健用途。

對重症的治療則可以使用清瘟敗毒飲以對症治療，其主治為瘟疫熱毒、充斥內外、氣血兩燔證。其證為大熱渴飲，高燒38℃以上、頭痛如劈、乾嘔、狂燥、譫語神昏、或發斑疹等，有些會合併急性呼吸窘迫綜合症、肺臟累積濃稠黏液、心力衰竭，導致血氧分壓下降至94%以下，使人在無意識下慢慢缺氧而死亡。

然而在預防勝於治療的角度來說，多數民眾更需要的是可以居家飲用的中藥防疫茶，藉以增加防護力。可取適量的荊芥、大青葉、淡竹葉、豬苓、澤瀉、茯苓、生梔子、黃芩、知母、玄參、連翹、桔梗、甘草、牡丹皮、赤芍、生薑、浙貝母、栝蔞仁、桑白皮、杏仁、百合等藥材煮茶飲用。民眾可以諮詢中醫師協助調配中藥防疫茶，以達到益氣固表的防疫功效。