中藥是我先民累積千百年臨床經驗所匯聚而成的智慧結晶，惟缺乏具體的分析統計數據與嚴謹的品質控管規範，以致難為現代國際醫藥法規所接受。眾所皆知，植物性產品之化學成分組成複雜，品質控管極為不易，化學指紋圖譜作為中藥品管工具的概念因此而生。然而，化學指紋圖譜不應僅侷限於小分子有機化學成分，亦應包含微量無機元素、揮發油、糖類及蛋白質等成分之化學指紋，必安研究所因而構思利用HPLC/PDA、HPLC/RI、HPLC/ELSD、LC/MS、GC/MS及ICP/MS建立中藥全方位化學指紋圖譜的想法。

國家中醫藥研究所以臨床指引中「抗病毒」與「免疫調節」藥物組成為主的「輕症方」，輔以臨床與現代科學研究，研發出由魚腥草、北板藍根、黃芩、栝蔞實、荊芥、桑葉、薄荷、厚朴、防風、炙甘草等10種中藥複方「臺灣清冠一號(NRICM101)」。

骨相關標靶藥物於設計時利用合成或生物體內負離子的胺基酸或胜肽(peptide)進行設計，可有效與羥磷灰石進行親和性反應。利用此有效的藥物傳遞路徑，對於治療骨骼相關疾病(如骨關節炎與骨質疏鬆等)將更有幫助。

陽明交大傳統醫藥研究所開發的中藥「淨冠方」可以降低感染，減輕新冠肺炎相關症狀，作為接種疫苗後另一層輔助及減毒防護。