新冠肺炎疫情席捲全球，國家中醫藥研究所結合教學醫院及GMP中藥廠，成功研發抗疫中藥「清冠一號、清冠二號」。清冠一號已授權14家GMP中藥廠，生產高品質清冠一號外銷全球，並於各國取得中成藥註冊、草藥顆粒登記、補充藥品藥證及膳食補充品登記，協助國際抗疫。

2021年5月清冠一號及時通過EUA供國內治療輕中症患者，而國家中醫藥研究所也研發清冠二號來治療出現缺氧的重症患者，並與15家教學醫院合作進行中西醫結合治療住院患者。

研究團隊啟動真實世界研究(RWS)，滙集9家IRB審核通過之教學醫院臨床數據，經過嚴謹的傾向評分匹配後，共納入302名不需供氧的輕、中症患者，接受清冠一號與西醫常規照護各151名，評估轉入ICU或插管的重症風險；另納入246名需要供氧的重症患者，接受清冠二號與西醫常規照護各123名，分析死亡相對風險。研究結果顯示，於30天觀察期內，接受清冠一號治療的輕、中症患者均未轉重症，僅接受西醫常規照護組則有14例(9.27%)轉重症；在重症患者中，西醫常規照護組有27人(21.95%)死亡，而接受清冠二號治療組僅7人死亡(5.69%)，顯著降低74%死亡率。

國家中醫藥研究所表示，清冠一、二號的多中心臨床研究暨證實清冠二號改善肺栓塞及抑制變種病毒的基礎研究雙論文已被高點數國際學術期刊Pharmacological Research接受即將刊登，開啟台灣在創新中醫藥研究的國際學術地位，顯示清冠一號與清冠二號用於降低COVID-19病人轉重症及減少死亡風險的臨床療效，被國際認可。